Nach dem Ersten Weltkrieg wurde ein Teil des Lainzer Tiergartens für die Besiedlung freigegeben. Dabei entstanden diverse Siedlungen wie die SAT-Siedlung, die Friedensstadt, die Polizeisiedlung, die Zollwachesiedlung und die Siedlung Heimscholle. Dass die Initiative an die Lainzer Pfarrkirche und den dortigen Pfarrer Anton Schrefel fiel, ergab sich durch die Notkirche, die linksseitig des Lainzer Baches und damit im Pfarrgebiet Lainz lag.

Die Notkirche war eine ehemalige Werkstatt des Gemeinderates Halla an der Dr.-Schober-Straße 3, heute Kongresssiedlung, wo heute gegenüber die Bettenstation des Pensionistenwohnhauses Föhrenhof situiert ist. Ein Holzkreuz im Vorgarten des Pensionistenwohnhauses erinnert noch daran.

Der erste Gottesdienst in der Notkirche wurde am 19. April 1931 von Prälat Karl Drexel gehalten. Zur Unterscheidung von den umliegenden anderen Werkstätten wurde die Notkirche mit einem Turm versehen und mit zwei Glocken von der Glockengießerei Pfundner in Wien-Favoriten bestückt. Beide Glocken waren bereits für die künftige Kirche gedacht und wurden dem heiligen Hubertus sowie dem heiligen Christophorus geweiht. Die Wahl dieser Heiligen entsprach einem Wunsch von Kardinal Friedrich Gustav Piffl: Hubertus in Erinnerung an das ehemalige Jagdgebiet, Christophorus dem Schutzpatron der Reisenden, womit man der wachsenden Zahl der Autofahrer rechnun tragen wollte.

Die Kirche verdankt ihr Entstehen den Anregungen des damaligen Pfarrers von Lainz, Anton Schrefel.

1935 wurde die Realisierung des Projektes in die Wege geleitet. Die Kirche wurde in den Jahren 1934 bis 1935 nach den Plänen der Architekten Kurt Klaudy und Georg Lippert mit der Bauleitung des Architekten Anton Liebe errichtet.

Die Mosaikfenster sind von Hans Alexander Brunner.

Die Wandgemälde in der Altarnische und an den Chorwänden sind von Hans Becker, das Altarbild und die Fresken der Kirchenpatrone stammen von Karl Engel. Am Marienaltar Schnitzarbeit Madonna und weitere Figuren von Mea Bratusch.
Schon am 15.11.1935, nach nur sechsmonatiger Bauzeit, wurde die Kirche von Kardinal Theodor Innitzer feierlich eingeweiht. Erste Seelsorger waren Priester vom Orden der Nazarener, der jedoch kurze Zeit später aufgelöst wurde.

1936 übernahmen die Pallottiner die Leitung der Pfarre. 1946 wurde der Marienaltar eingeweiht.

1966 entstand das neue Pfarrheim, 1973/74 das Pfarrhaus und 1977 wurde der Altarraum neugestaltet.

1985 feierte die Pfarre ihr 50-jähriges Bestehen.

Am 20.4.1996 wurde die neue Eisenbarth-Orgel in der Kirche geweiht.  2010 konnte das 75-jährige Jubiläum zusammen mit Kardinal Christoph Schönborn gefeiert werden. Tabernakel, Ambo und Kerzenständer stammen von Manfred Stubmann

Am 1.9.2011 übernahm P. Bernhard Weis SAC die Leitung der Pfarre.

Ab dem 1.7.2013 begann eine umfassende Neustrukturierung der pfarrlichen Gebäude mit der Sanierung des bisherigen Pfarrheims, in dem Kindergarten und Jugendräume untergebracht sind. Diese wurde mit einem neuen ebenerdigen Zugang ausgestattet.

Als zweiter Schritt folgte die Grundstückstrennung zwischen Kirche und Pfarrhaus sowie die Errichtung eines Pfarrzentrums unter der Kirche. Auch die Pfarrkanzlei wurde ins Pfarrzentrum verlegt, der neue, barrierefreie Eingang ist seit damals in der Granichstaedtengasse.

Mit dem Pensionsantritt von Pater Weiss endetet am 31. August 2023 die Präsenz der Pallottiner in St.Hubertus.

Am 1. September  2023 übernahm der Orden der Jesuiten  mit Pfarrprovisor Stefan Hengst die seelsorgerische Betreuung der Pfarre St. Hubertus mit dem Ziel diese bis 1.1.2025 mit der Pfarre Lainz und Maria, Heil der Kranken in eine neue, größere Pfarre überzuführen.